Sağlık kuruluşları , veteriner hekimlerin klinikleri özel muayenehane gibi birçok işletmeden kaynaklanan tıbbi atklar özel bir toplama yöntemi ile toplanarak bertaraf aşamasına getirilirler.
Lisanslı toplama araçlarıyla toplanan tıbbi atklar MoTAT sistemi ile bakanlığın sistemine günlük verilerle bildirilir. Daha sonra sterilizasyon için tıbbi atık tesislerine getirilerek burada sterilizasyon aşamasından geçirilerek %99,999 oranında evsel atığa dönüşümü sağlanır.
Tıbbi atık üreten tüm kuruluşlar tıbbi atık toplama taşıma ve sterilizasyondan sorumlu tıbbi atık firmaları ile sözleşme yaparak tıbbi atıklarını bu firmalara teslim etmekle yükümlüdür.
Mardin ilinde henüz bir sterilizasyon tesisi bulunmadığı için , tıbbi atıklar Diyarbakır’da bulunan sterilizasyon tesislerine ait lisanslı araçlarla toplanarak sterilizasyon işlemi gerçekleştirilmek üzere tıbbi atık sterilizasyon tesisine götürülmektedir. Diyarbakır iline giden tıbbi atıklar buhar sterilizasyon işlemine tabi tutulmaktadır ve sterilizasyonun geçerliliği için biyolojik ve kimyasal indikatör testleri ile kontrol edilmektedir.